تحقیق جدیدی که می‌تواند توالی یابی ژنوم باکتری‌های مقاوم به دارو را متحول کند

http://bionet.ir، بیونت، bionet، توالی یابی DNA

بر اساس تحقیق جدیدی که توسط دانشگاه East Anglia و مرکز ملی سلامت انگلیس انجام شده است، تکنولوژی جدید توالی یابی DNA به وسیله ریزمنفذ (nanopore) بر روی ابزاری به اندازه یک فلش USB، می‌تواند برای تشخیص بیماری به کار رود.

محققان با تعیین دلیل مقاومت به آنتی بیوتیک در یک سویه جدید مقاوم به داروی باکتری عامل تیفوئید، این تکنولوژی جدید را مورد آزمایش قرار دادند. نتایج این تحقیق که ۱۷ آذر در مجله Nature Biotechnology به چاپ رسیده است بیان می‌کند که این تکنولوژی کوچک، در دسترس و مقرون به صرفه می‌تواند توالی یابی ژنومی ‌را متحول سازد.

در ادامه مطلب همراه بیونت باشید

تکنولوژی‌های موجود برای توالی یابی قطعات طویل در دستگاه‌های گران قیمت انجام می‌شود (حدود ۵۰۰۰۰۰ پوند). این کار بسیار پیچیده بوده و معمولا تنها در آزمایشگاه‌های تخصصی امکان پذیر است. این گروه تحقیقاتی ابزار جدیدی به نام MinION را که به وسیله Oxford Nanopore Technologies Ltd. تولید شده بود مورد آزمایش قرار دادند. این ماشین، توالی یابی قطعات بزرگ را با استفاده از روشی متفاوت و بدون نیاز به آشکار سازی نوری و با هزینه جزئی (تخمین زده شده که حدود ۶۵۰ پوند به ازاء هر دستگاه) انجام می‌دهد. توالی یابی‌های قطعات بزرگ هنگام بررسی مکان ژن مقاومت به دارو بسیار مهم می‌باشند.

محققان، کاربرد این دستگاه را با نقشه برداری موفق ژن‌های مقاومت‌های دارویی در سویه ای به نام Salmonella Typhi‌ هاپلوتیپ-H58 که به تازگی در دنیا شیوع پیدا کرده است، تایید کردند. آنها با موفقیت نقطه دقیقی را در ساختمان کروموزومی ‌شناسایی کردند که محل ژن‌هایی است که عامل مقاومت دارویی شده و به نام جزیره مقاومت آنتی بیوتیکی شناخته می‌شود. سرپرست محققان این بررسی دکتر Justin O’Grady می‌گوید:

"این نوع تکنولوژی روشی را که ما برای شناسایی خصوصیات میکروب‌های مقاوم به آنتی بیوتیک با شیوع بالا به کار می‌بردیم دگرگون خواهد کرد. در گذشته این بررسی با استفاده از روش‌های معمول به دلیل بررسی‌های آزمایشگاهی پس از توالی یابی، ماه‌ها به طول می‌انجامید. به علاوه زمانی که نتایج آماده می‌شود، ممکن است برای تشخیص‌های بالینی و راهنمایی مداخلات سلامت عمومی‌ زمان مناسبی نباشد."

دکتر O’Grady در ادامه می‌افزاید:

"این اولین تحقیق منتشر شده در دنیاست که نشان دهنده توانایی بالای توالی یابی MinION برای حل مشکلات زیستی مهم و پیچیده می‌باشد. آزمایشگاه‌های بالینی و سلامت عمومی‌ به زودی می‌توانند به این تست سریع و ارزان دسترسی داشته باشند. این تکنولوژی به همراه توالی یابی قطعات کوتاه می‌تواند ژنوم کامل باکتریایی را مشخص کند. این در حالی است که پیشرفت‌های آتی این سیستم نیاز به داده‌های توالی یابی قطعات کوتاه را از میان خواهد برداشت."

او ادامه داد:

" تکنولوژی MinION قادر به شناسایی باکتری، تشخیص بیماری‌های عفونی و تشخیص مقاومت دارویی در هنگام نیاز بالینی است. این نوع تکنولوژی، دسترسی به توالی یابی نسل جدید را برای محققان در هر جایی امکان پذیر می‌سازد."

منبع: Nature Biotechnology

  • نویسنده : سامان میلانی زاده
  • تاریخ انتشار : ۳۰-۰۹-۹۳