چگونه یک آزمایشگاه PCR راه بیاندازیم

مطابق معمول هر شنبه با مطلبی آموزشی در خدمت شما عزیزان هستیم. لطفا نظرات خود را با ما به اشتراک بگذارید

تنها یک راه صحیح و یک راه غلط برای راه اندازی یک آزمایشگاه PCR وجود دارد. به دلیل توانایی غیرقابل وصف PCR در تکثیر مقادیر اندک DNA/RNA، حتی آلودگی بسیار جزئی الگوها می تواند مشکل بزرگی در PCR به وجود آورد. این در حالی است که آلودگی در آزمایشگاه شما مشکل ساز نخواهد بود. متن زیر را مطالعه کنید تا بدانید چگونه یک آزمایشگاه PCR عاری از آلودگی راه اندازی کنید.

شناسایی دشمن: Amplicon Aerosols (توالی های تکثیر شده معلق در هوا)

چگونگی  راه اندازی آزمایشگاه PCR تماما بر پایه اجتناب از آلودگی PCR می باشد. یکی از بزرگترین منابع آلودگی معلق شدن محصولات PCR در هوا است. هنگامی که شما درﹲ یک تیوپ محصولات تکثیر شده PCR را باز کرده و یا این محصولات را پیپت می کنید، مقدار جزئی از محصول PCR شما در هوا معلق می شود. این محصول PCR معلق در هوا می تواند در طول میز و ابزار کار شما جابجا شود. در اینصورت منتظر می ماند تا واکنش PCR دیگری را راه اندازی کنید. در این زمان می تواند در واکنش شما دخالت کرده و به صورت ناخواسته تکثیر شود. این تکثیر PCR شما را خراب کرده و از پیشرفت کار جلوگیری می کند.

شناسایی نحوه صحیح راه اندازی آزمایشگاه برای مقابله با توالی های تکثیر شده معلق در هوا

راه های متفاوتی برای جلوگیری از آلودگی با توالی های تکثیر شده معلق در هوا وجود دارد. بهترین روش، جداسازی "مواد آماده برای PCR" و "ترکیبات واکنش PCR" از محصولات تکثیر شده می باشد. این بدان معنی است که تمام مراحل راه اندازی PCR باید بر روی یک میزکار اختصاصی با ابزار اختصاصی شامل سانتریفیوژها، لوله ها، رک ها رپوش های آزمایشگاهی، پیپت ها و غیره انجام شود. بررسی محصول PCR شما ( مثلا الکتروفورز) باید همیشه بر روی یک میز کار جدا به همراه تجهیزات کاملا مجزا انجام شود. تهویه هوای مناسب و مجزا یکی دیگر از عوامل جلوگیری کننده از آلودگی می باشد.

اختصاص دادن یک اتاق برای راه اندازی PCR بسیار مهم است اما در آزمایشگاه هایی که این امکان وجود ندارد جدا کردن میز کار PCR با فاصله زیاد نسبت به محل محصولات PCR یک راه حل منطقی به نظر می رسد. علاوه بر این، استفاده از یک هود لامینار با جریان هوای مناسب و دارای لامپ UV برای انجام مراحل بهینه سازی PCR، یک راهکار بسیار مفید است.

شناسایی بهترین راهکارها برای مقابله با توالی های تکثیر شده معلق در هوا

 ساختار آزمایشگاه همانند افرادی که در آن مشغول کار می باشند بسیار با اهمیت است. برای به حداقل رساندن آلودگی PCR باید روش های مناسب آزمایشگاهی را نیز به کار برد. این روش ها عبارتند از:

استفاده از دستکش های تمیز. همیشه برای راه اندازی یک واکنش PCR از دستکش های تمیز استفاده کنید. اگر چیز دیگری غیر از میز و ابزار کار اختصاصی  خود را لمس کردید، دستکش خود را تعویض کنید. اگر یکی از محلول ها را فراموش کردید و مجبور شدید دوباره به سمت یخچال بروید بهتر است پیش از بازگشت بر سر میز کار، دستکش خود را تعویض کنید.

تمام محلول های PCR را تقسیم کنید (aliquot). هنگامی که یک منبع جدید مواد PCR را دریافت کردید به سرعت باید آن را به بخش های کوچکتر تقسیم کنید. این کار به چند دلیل مفید است:

  1. مقادیر کوچکتر مواد به معنی چرخه های یخ زدن و ذوب شدن کمتر و طول عمر بیشتر مواد می باشد.
  2. اگر شما به آلودگی یکی از مواد خود شک داشته باشید، مواد تمیز برای آزمودن این فرضیه را در دست دارید. 
  3. اگر مواد شما آلوده شد دیگر نیاز به دور انداختن تمام منبع اصلی خود ندارید در عوض تنها آن بخش که جدا کرده اید را حذف می کنید.

همیشه از کنترل منفی استفاده کنید. برای تمام واکنش های PCR همیشه کنترل منفی استفاده کنید. این کنترل معمولا نمونه ای است که به جای DNA الگو به آن آب اضافه کرده اید.  کنترل منفی به شما کمک می کند تا آلودگی را در مراحل اولیه تشخیص دهید و از گسترش آن جلوگیری کنید.

از آب فیلتر شده استفاده کنید. مانند بسیاری از تکنیک های زیست شناسی مولکولی، آب تمیز یکی از موارد اصلی در PCR می باشد. تنها از منبع آب دیونیزه شده استفاده نکنید بلکه آب دیونیزه شده و فیلتر شده استریل اختصاصی برای PCR را به کار برید.

به صورت مستمر از وایتکس استفاده کنید. فکر می کنید جنایت کاران در فیلم های جنایی چرا همیشه از وایتیکس برای تمیز کاری استفاده می کنند؟  زیرا وایتکس قابلیت بسیار زیادی در از بین بردن اثر جرم مخصوصا DNA دارد. می خواهید آلودگی DNA) PCR) را حذف کنید؟  به صورت مستمر تمام سطوح میز کار PCR و ابزار را با وایتکس ۱۰% شستشو دهید.

از منابع آلودگی آگاهی داشته باشید. به مراحل کار آزمایشگاهی خود توجه داشته باشید. دقت کنید کدام ابزار به مواد و محصولات PCR آلوده می شوند. منابع را شناسایی کرده و مشکل را با اختصاص دادن ابزار به PCR بر طرف سازید.  بعضی از آزمایشگاه ها حتی یخچال های جداگانه برای محصولات PCR و مواد خود دارند. کاهش این همپوشانی باعث کاهش احتمال آلودگی خواهد شد.

از تیپ های فیلتر دار استفاده کنید. تیپ های فیلتر داد همانند تیپ های ساده می باشند تنها یک ماده پنبه مانند درون آنها به عنوان فیلتر به کار رفته است. این فیلتر از آلوده شدن مواد با منابع معلق در هوا جلوگیری می‌کند. اگرچه تیپ های فیلتر دار از تیپ های معمولی گران تر می باشند اما می توانند با جلوگیر از آلودگی برای شما بسیار مفید باشند.

همیشه الگوی تکثیر را در انتها به ترکیبات اضافه کنید. آخرین چیزی که به مواد PCR خود اضافه می‌کنید الگوی مورد نظر باشد. این کار باعث کاهش احتمال معلق شدن الگوی شما در هوا خواهد شد.

با دیگران سهیم نشوید. هیچ گاه پیپت، تیپ و یا حتی سانتریفیوژ میزکار اختصاصی خود را به کسی قرض ندهید. زیرا این کار باعث از بین رفتن کلیه اقداماتی که برای اختصاصی نگه داشتن وسایل خود می کنید خواهد شد.

به افراد تازه کار آموزش کامل دهید. مطمئن شوید که تمام افرادی که تازه به آزمایشگاه وارد می شوند از تمام قوانین آگاهی داشته باشند. یک آزمایشگاه به وسیله کارکنان آن تمیز نگاه داشته می شود.

منبع: bionet

  • نویسنده : بهزاد دماوند
  • تاریخ انتشار : ۱۷-۰۸-۹۳
  1. مهسا گفت:

    بسیار عالی بود ممنون

  2. مریم گفت:

    سلام
    این سایت برای من که خیلی جالب و جذابه. فقط اگه امکاناتی مثل عضویت در سایت و خبرنامه رو هم اضافه کنید خیلی بهتر میشه.
    چت فروم برای تبادل اطلاعات متخصصین و اتاق های بحث اختصاصی برای فیلدهای مختلف زیست شناسی میتونه سایت شما رو پربارتر و خصوصاً برای دانشجویانی که طی تحصیل و کار آزمایشگاهیشون به کمک و همفکری نیاز دارن جذابتر کنه.
    به امید موفقیت روزافزون شما

    • بهزاد گفت:

      ممنون از لطف شما
      سایت بیونت تازه راه اندازی شده و ما با محدودیت هایی از نظر مالی، تعداد نفرات، زمانی و … روبرو هستیم.
      تمام بخش هایی که فرمودید به مرور به سایت اضافه می شود. علاوه بر اینها ایده های تازه دیگری هم داریم که تا حدودی نیاز جامعه علمی ما رو برطرف می کنه.

  3. سینا گفت:

    کارت عالی است. مطمئن هستم که بیونت آینده بسیار خوبی خواهد داشت. محتوی خوب است. سعی کنید روش ها رو بیشتر پوشش بدید. ممنون