جایگزین هایی برای اتیدیوم بروماید

در مطالب قبلی تاریخچه ای از اتیدیوم بروماید را با هم مرور کردیم و در مورد خطرات و ترس ایجاد شده میان آزمایشگاهیان در مورد این ماده نکاتی را بیان کردیم. در این مقاله قصد داریم انواع مواد مورد استفاده برای رنگ آمیزی DNA در ژل الکتروفورز را مقایسه کرده و همچنین جایگزین های موجود برای اتیدیوم بروماید را بررسی کنیم. همراه بیونت باشید

اتیدیوم بروماید (Ethidium Bromide)

رنگ معمول مورد استفاده جهت رنگ آمیزی DNA. اتیدیوم بروماید یک مولکول مسطح است که در بین جفت بازهای مارپیچ دو رشته ای DNA قرار می گیرد (intercalates). این ماده جذب نور UV با طول موج ۳۰۰ تا ۳۶۰ نانومتر را دارد و همچنین می تواند انرژی ساطع شده توسط نوکلئوتید ها را در ۲۶۰ نانومتر جذب کند. انرژی جذب شده در طول موج ۵۹۰ نانومتر و به رنگ نارنجی/زرد ساطع می شود. تابش فلوروسنت EtBr هنگامی که در بین دو رشته ای قرار می گیرد بسیار بیشتر از زمانی است که در محیط آبی به صورت تنها وجود دارد.

روش کار: می تواند درون ژل هنگام درست کردن آن و یا پس از الکتروفورز با غلظت ۰.۵mg/L مورد استفاده قرار گیرد.

تشخیص: با نور UV

حساسیت: می تواند باند هایی با غلظت ۱-۵ng را شناسایی کند.

سمیت: سمی، جهش زا و سرطان زا که بر اساس آزمون های متعددی تایید شده است اما تا کنون بر روی موجودات عالی مورد بررسی قرار نگرفته است.

قیمت: حدود ۰.۰۰۰۹۳ دلار به ازای هر ۱۰۰ میلی لیتر ژل

متیلن بلو (Methylene Blue)

متیلن بلو از خانواده رنگ های تیازین بوده که به صورت یونی به DNA و RNA متصل می شود. از آنجایی که میانکنش آن با DNA/RNA ضعیف است حساسیت آن برای رنگ آمیزی کم است اما برتری آن قابلیت شناسایی در نور مرئی می باشد. ممکن است برای افزایش حساسیت نیاز به رنگ آمیزی مجدد نیز در آب باشد.

روش کار: تنها رنگ آمیزی پس از الکتروفورز با غلظت ۰.۰۲۵% W/V  متیلن بلو در آب مورد استفاده قرار می گیرد.

تشخیص: با نور مرئی

حساسیت: گزارش شده که باند های  ۴۰-۱۰۰ نانوگرمی پس از رنگ آمیزی مجدد قابل شناسایی می باشند. با توجه به تجربیات شخصی تنها باند های ۵۰۰ نانو گرمی و بالاتر از آن قابل تشخیص هستند.

سمیت: غیر جهش زا. سمیت کم اگر بلعیده شود.

قیمت: حدود ۰.۰۰۰۰۱۹ دلار به ازای هر ۱۰۰ میلی لیتر ژل

کریستال ویولت (Crystal Violet)

کریستال ویولت همانند اتیدیوم بروماید در بین دو رشته ای DNA قرار می گیرد اما اثر جهش زایی بسیار کمتری دارد. برتری اصلی این رنگ توانایی تشخیص آن در نور مرئی می باشد که نیاز به استفاده از لامپ UV را از میان بر می دارد.

روش کار: درون ژل با غلظت حدود ۱.۲ گرم در هر میلی لیتر مورد استفاده قرار می گیرد.

تشخیص: با نور مرئی

حساسیت: گزارش شده است که باند های ۱۰۰ تا ۲۰۰ نانوگرمی قابل تشخیص بوده اند اما با تجربه شخصی غلظت بیشتر از ۲ میکروگرم برای داشتن باند های با وضوح بالا مورد نیاز خواهد بود.

سمیت: جهش زا ( بسیار کمتر از اتیدیوم بروماید)

قیمت: حدود ۰.۰۳۷ دلار به اضای هر ۱۰۰ میلی لیتر ژل

SYBR Safe

SYBR safe یک رنگ تجاری برای رنگ آمیزی DNA است که به وسیله کپانی Invitrogen تولید می شود. تبلیغ تجاری این ماده سمیت بسیار کمتری را نسبت به اتیدیوم بروماید نشان می دهد. برتری دیگر آن حساسیت بسیار بالای این رنگ است که همانند اتیدیوم بروماید می باشد اما برای تشخیص نیاز به نور UV نبوده و در نور مرئی قابل مشاهده است.

روش کار: SYBR safe تنها به صورت رنگ درون ژلی مورد استفاده قرار می گیرد. این ماده به صورت بافرهای آماده ارائه می شود در نتیجه غلظت آن نامشخص است.

تشخیص: نور مرئی

حساسیت: همانند اتیدیوم بروماید باند های ۱-۵ نانوگرمی قابل تشخیص می باشند.

سمیت: گزارش شده است که جهش زایی آن کمتر از اتیدیوم بروماید است اما می تواند مسمومیت ایجاد کند.

قیمت: حدود ۱.۱۹ دلار به ازای هر ۱۰۰ میلی لیتر

Gel Red

Gel Red یک رنگ تجاری برای DNA است که توسط Biotium تولید می شود. این رنگ به عنوان امن ترین، حساس ترین و دقیق ترین رنگ مورد استفاده در الکتروفورز برای اسید نوکلئیک است. نسبت به اتیدیوم بروماید کمتر جهش زا بوده و نسبت به Syber Safe پایداری بیشتری در محیط دارد. همانند اتیدیوم بروماید این رنگ توسط نور UV قابل مشاهده می باشد.

روش کار: این رنگ می تواند برای رنگ آمیزی پس از الکتروفورز و یا درون ژل به کار رود. به دلیل اینکه به صورت بافر آماده مصرف ارائه می شود غلظت آن مشخص نیست.

تشخیص: در طول موج ۳۰۰ نانومتر تهییج می شود و در نتیجه لامپ UV جهت مشاهده آن مورد استفاده قرار می گیرد.

حساسیت: باند هایی با غلظت ۰.۲۵ نانو گرم قابل شناسایی می باشند.

سمیت: نسبت به اتیدیوم بروماید سمیت کمتری دارد.

قیمت: حدود ۲.۳۵ دلار به ازای هر ۱۰۰ میلی لیتر ژل

اگر شما رنگ های دیگری را می شناسید که برای رنگ آمیزی ژل در الکتروفورز مورد استفاده قرار می گیرند لطفا با ما در میان بگذارید.

منبع: بیونت