ده وب سایت برتر در زمینه PCR

طبق معمول هر شنبه وب سایت بیونت با یک مطلب آموزشی دیگر در خدمت شما عزیزان است، با ما همراه باشید…

اگر در فکر گذراندن دوره PhD در رشته زیست شناسی مولکولی بوده یا بخواهید یک ژن جدید را تکثیر کرده یا بیان ژن به وسیله qPCR را تحلیل کنید احتمالا به دنبال پاسخ های خود در سایت های جستجوگر مانند Google خواهید بود. تا به حال به این فکر کرده اید که چطور می توانید حدود ۲۰ میلیون سایتی که در نتیجه جستجوی عبارت PCR در گوگل خواهید یافت طبقه بندی کنید؟ ده سایت برتری که در این پست برایتان معرفی می کنیم سایت هایی هستند که به وسیله من و همکارانم بسیار مورد استفاده قرار گرفته و در زمینه های زیر کاربرد دارند.

• طراحی پرایمر
• محاسبه خصوصیات اصلی پرایمرها و محصول تکثیر (شامل Tm، ساختار ثانویه، دایمر پرایمر)
• پیش بینی تکثیر غیر اختصاصی
• نقشه برداری محدود (restriction mapping) محصول PCR برای استفاده در کلون کردن
• تحلیل بیان ژن برای داده های qPCR
• تخمین بازده PCR از شیب منحنی تکثیر (در نتیجه نیازی به تولید منحنی استاندار برای qPCR نیست)
• گشتن به دنبال محلول ها و ابزارهای مورد نیاز برای PCR
• رفع عیب و بهینه سازی PCR
• دستورالعمل های PCR

۱. Primer3  لینک

این سایت یک رابط آنلاین ساده و درعین حال کارآمد برای طراحی پرایمر است. شما به راحتی توالی هدف را در مکان نشان داده شده کپی کرده و پرایمر را جستجو می کنید. نتایج به دست آمده را نیز می توانید بهینه سازی کنید، مثلا با انتخاب طول قطعه محصول PCR، طول پرایمر، محدوده Tm و دیگر متغییرها. از این سایت همچنین می توان برای طراحی پروب های هیبریدیزاسیون مورد استفاده در PCR-ELISA و دیگر کاربردها بهره برد.

۲. (National Centre for Biotechnology Information (NCBI لینک

آیا میدانید وب سایت NCBI را می توان برای کاربردهای بیشماری علاوه بر جستجو برای مقالات و BLAST به کار برد؟ در بخش primer blast همانند سایت primer3 می توانید به دنبال پرایمر مناسب بگردید یا توالی پرایمر مورد نظر را وارد کنید و خصوصیات آن را جستجو کنید. BLAST کردن پرایمرها در ژنوم مورد نظرتان میتواند بسیار مفید باشد. ژنی را که تکثیر می کنید به صورت بخشی از یک خانواده چند ژنی وجود دارد و الگوی تکثیر شما DNA ژنومی کامل می باشد. البته اگر هدف خود را بر روی پلازمید تکثیر خواهید کرد شانس محصول غیر اختصاصی کمتر خواهد بود.

۳. Serial Cloner  لینک

نرم افزار Serial Cloner کاملا مجانی بوده و قابل نصب بر روی سیستم عامل های ویندوز و مکینتاش است و اگر دائما در حال کار با PCR و کلون کردن هستید این نرم افزار بسیار کارآمد خواهد بود. وقتی نرم افزار را نصب کردید و توالی پرایمرها و DNA را دانلود کردید خواهید توانست PCR فرضی گذاشته، مکان های برش آنزیمی را مشاهده کرده، برش های آزمایشی انجام داده (حتی می توانید وزن مولکولی را مشخص کنید و ببینید تصویر ژل شما چطور باید باشد)، توالی های خود را همتراز کنید (sequencealignment)، آزمون های کلون کردن خود را برنامه ریزی کنید و … . از این نرم افزار همچنینن می توان برای رسم کردن نقشه های پلازمیدی و نمودارهای بهینه کردن کلون استفاده کرد تا بتوانید در گزارشات و ارائه های خود از آنها بهره مند شوید. بیشتر زیست شناسان مولکولی که من می شناسم حاضرند به Serial Cloner قسم بخوردند!!!

۴. Integrated DNA technologies  لینک

اگرچه این یک وب سایت اختصاصی PCR نمی باشد اما می توانید ابزار کارآمد بسیاری را برای کمک به برنامه ریزی PCR و Real-Time PCR در آن بیابید. می توانید خصوصیات عمومی پرایمرها و محصولات را محاسبه کنید و توالی های الیگو (oligo) بسیار تخصصی بر پایه نیازهای خود طراحی کنید. این صفحه همچنین دارای یک ماشین حساب کارآمد برای محلول سازی است تا بتوانید از پرایمرهای خود غلظت مورد نظر را به دست آورید.

۵. Gene Quantification Page  لینک

این نرم افزار یک منبع خوب برای افرادی است که می خواهند qPCR انجام دهند. این وب سایت به وسیله Michael P. Pfaffl (فردی که روش مشهور Pfaffl برای سنجش مقایسه مقداری (relative quantification) در qPCR را در ۲۰۰۱ ابداع کرد) ویرایش شده است. در این سایت می توانید همه چیز را در رابطه با qPCR بیابید از جمله: کاربردهای گسترده آن، واکنش های شیمیایی، روش ها و الگوریتم های آن، اطلاعات پایه برای انتشار آزمایشات مقداری (Real-Time PCR (MIQE، دستگاه های Real-Time PCR، کیت ها، رنگ ها، روش های تحلیل داده ها و همچنین کار با دستگاه و سرویس های آن. علاوه بر این بسیاری از مراکز علمی و تجاری مطالب کاملی در مورد تولیدات خود در بخش qPCR platform قرار داده اند.

۶. Saccharomyces genome database  لینک

اگرچه منابع موجود در این سایت برای تحقیق در زمینه مخمر بهینه سازی شده است اما ابزار نقشه برداری برش آنزیمی در این سایت دارای کاربرد بسیار آسان با نتایج مشخص و قابل درک است.

©Webcutter گزینه دیگری برای ایجاد نقشه های قابل تشخیص برش های آنزیمی است.

۷. Rest 2009 Real-Time Quantification software  لینک

این سایت به وسیله Micheal P. Pfaffl و Qiagen ایجاد شده و یک منبع بسیار عالی برای سنجش مقداری داده های خام حاصل از آزمایشات Real-Time PCR است. برای دسترسی به نرم افزار ابتدا باید یک نام کاربری در وب سایت Qiagen ایجاد کرده و دستگاه مورد نظر را انتخاب کنید. این نرم افزار یک مدل ریاضی با در نظر گرفتن بازده های متفاوت PCR ژن مورد نظر و ژن مرجع فراهم میکند.

۸. LinGegPCR  لینک

این نرم افزار به صورت مجانی برای سیستم عامل ویندوز قابل دسترس بوده و توسط (Academic Medical Center (AMC, Netherlands طراحی شده و می تواند برای تخمین کارایی PCR از شیب منحنی تکثیر به کار رود. این نرم افزار برای واکنش های qPCR با استفاده از SYBER green یا دیگر پروب های فلوروسنت مناسب بوده و با داده های تمام دستگاه های qPCR همخوانی دارد. با فراهم آوردن یک تخمین قابل اطمینان برای کارایی PCR نیاز به منحنی استاندارد را از میان برداشته و نیاز به زمان زیاد در آزمایشات qPCR را از میان برمی دارد. برای مقایسه و بررسی دقیقتر روش های مقدار سنجی متفاوت می توانید مقاله Ruijter et al.,2013 را مطالعه کنید.

۹. Research Gate  لینک

این سایت مانند Facebook برای محققین می باشد که در آن می توانید با همکاران خود ارتباط برقرار کرده و کارهای آنها را پیگیری کنید، مقالات چاپ شده خود را قرار داده و در بحث های مرتبط در تمام زمینه های علمی شرکت کنید. در ابتدا برای استفاده از این وب سایت باید ثبت نام کنید. بخش PCR را چک کنید و در آنجا می توانید هر سوالی که داشتید از جامعه جهانی شرکت کننده در این سایت بپرسید. زمان پاسخ دادن بسیار کوتاه است و از آنجایی که در زمینه PCR اطلاعات اولیه را دارید می توانید توصیه های مفیدی درباره سوالات خود به دست آورید.

۱۰. Protocol Online  لینک

این سایت همانند بخش Q & A در research gate است در حالی که نیازی به ثبت نام و ورود به حساب شخصی ندارد. اگرچه این سایت ممکن است مقداری گیج کننده و مبهم باشد (با وجود لینک های متعدد و تبلیغات بسیار) اما به نظر من منبع خوبی برای پروتکل ها، عیب یابی، بهینه سازی و توصیه های مفید می باشد. بیشتر محتویات سایت بر مبنای تجربیات کاربران است در نتیجه باید از قدرت تفکر و تصمیم گیری خود برای به کار بردن این اطلاعات استفاده کنید. با تجربیاتی که من به دست آورده ام هیچ وقت نیازی به تایپ کردن پرسش خود در جعبه جستجوی سایت نخواهید داشت زیرا افراد بسیاری پیش از شما این سوال را پرسیده و جواب های متعددی نیز دریافت کرده اند.

البته در این بین فراموش نکنید که به وب سایت بیونت هم حتما مراجعه کنید

منبع: بیونت